Сергей Никитин, будущий епископ Стефан, родился 16 сентября 1895 г. в Москве.

Окончил Первую Московскую гимназию (1914) и медицинский факультет Московского университета (1922).Работал врачом-неврологом в Первом вспомогательном психологическом институте для умственно отсталых детей, первоначально был далёким от церкви человеком. После окончания университета перед ним встал вопрос, кем стать — научным работником или практическим врачом? По рекомендации своего друга, будущего архимандрита Бориса (Холчева), поехал к оптинскому старцу, чтобы получить от него ответ. Он долго беседовал со старцем Нектарием, но так и не изложил сути своего вопроса. Прощаясь, старец Нектарий благословил его и неожиданно сказал: «Врач-практик, врач-практик». Это событие произвело большое впечатление на молодого человека, способствовало его приходу в церковь.

Работал врачом-ординатором в клинике нервных болезней, врачом-неврологом в различных медицинских учреждениях Москвы. Одновременно с медицинской практикой был прихожанином, а затем председателем приходского совета прихода храма св. Николая в Клённиках на Маросейке в Москве. Настоятелем этого храма был протоиерей Алексей Мечёв, а после его смерти в 1923 году — его сын, протоиерей Сергей Мечёв. За активную церковную деятельность был арестован и осуждён.В 1931—1934 годах находился в лагере, где был заведующим медпунктом. Добивался освобождения многих заключённых от работы, а наиболее слабых отправлял в больницу. После освобождения работал врачом в городе Карабаново, затем в Струнине Александровского района Владимирской области.

В 1935 году тайно рукоположён во Владимирской области Афанасием (Сахаровым) во иерея. Открыто начал служить только с 1951 года в Ташкентской епархии под началом владыки Гурия (Егорова): в городах Курган-Тюбе, Ленинабаде, Самарканде, Ташкенте.

О его служении в храме Архистратига Божия Михаила г.Бохтар (в то время Курган-Тюбе):

после службы, два мальчика-прислужника спросили отца Сергия (будущего епископа Стефана), кому он говорил проповедь, если в храме никого не было, он ответил:
    «Людей нет, но храм полон небесных сил (храм был посвящен святому архистратигу Михаилу), им я и буду говорить».
   Или в другом варианте:
    «Вот когда в храме нет людей, присутствуют ангелы».
О самом месте служения:
   В своих письмах он также называл Курган-Тюбе «местом, забытым Богом», подчеркивая его отдаленность и сложность служения там, где его предшественник пренебрегал таинствами, а местные прихожане были немногочисленны.
Известно, что, прибыв в Курган-Тюбе, отец Сергий (Никитин) немедленно увеличил количество служб и восстановил правильный устав богослужения, несмотря на сопротивление хора и псаломщика. Он также смог сделать ремонт храма.
О простоте и скромности быта священника Сергия Никитина говорит описание, данное его сестрой Е.А. Стурцель, в октябре 1951 года в течение месяца гостившей у брата-иерея: «Кибитка (это дом из глины) очень приличная, просторная. В ней две комнаты, разделённые несплошной перегородкой. В первой комнате, вроде канцелярии, стоит стол с хоз[яйственными] книгами, счетами и бумагами. Сейчас поставили ещё одну кровать, на которой спит Серженька. Здесь же стоит пень, которую заново перекладывали; надеемся, что она будет давать тепло. Потом висит рукомойник, и у окна – маленькая тумбочка. В другой комнате, как войдёшь, налево – кровать, на которой я сплю, стол, в углу – полочка с иконами, в другом углу наискось шкапчик с посудой и бельём. Очень чисто, стены побелены. <…> Весь участок совершенно изолирован и обнесён кругом высокой сплошной глиняной оградой, которая называется дувалом. Внутри этого двора помещаются молитвенный дом, кибитка священника и с другой стороны кибитка сторожихи, 2 уборные – одна наша, другая общая, посреди двора колодезь. На ночь ворота запираются на замок. Собачонка Тузик <…> очень скрашивает Серженькину жизнь»
 Еписоп Мелитон (Соловьёв) рассказывал о жизни священника Сергия Никитина в Курган-Тюбе: «У него в приходе было, как он мне говорил, 15 национальностей. Было много православных из бывших магометан, и они подавали записки с такими вот именами: Абдурахман, Измаил и тому подобными. И надо было поминать так, потому что эти имена православные, но только в переводе: Абдурахман – это Авраам, например. <…> Его очень любили в Курган-Тюбе, он всегда там ходил в ряске. <… > Когда он шёл по тротуару, ему уступали дорогу все тамошние жители. Когда он приходил в библиотеку, все стояли в очереди, а ему открывали свободно дверь:
– Батюшка, пожалуйста, смотрите и выбирайте любую книгу, какую нужно, вот табуреточка».
Местное население и даже власти относились к священнику неплохо, тем горше было терпеть «от своих», не оставляло чувство одиночества и оторванности от действительно близких людей. Даже до архиерея добраться было крайне затруднительно: «Очень хотелось бы проехать в Ташкент, но не знаю, удастся ли. Дело в том, что сейчас сезон отпускников, студентов, курортников и т[ак] далее, и т[ак] далее. На самолете не достанешь места, а ехать с поездом долго, да и на него нужно взять билеты, я «человека не имам», который бы всё это устроил к благополучному концу, тем более нужно уладиться в очень сжатый срок – с понедельника до субботы. В субботу я должен уже быть у себя, так как воскресного дня пропустить нельзя. Буду стараться, а там не знаю, что выйдет!»
6 апреля 1951 года иерей Сергий писал своей крёстной дочери Наталье Петровне Сосновской: «Я живу одиноко; моя бедная Паша, если и выздоровеет (на что мало надежды), не сможет жить со мной. Кроме того, и условия жизни и климат здесь тяжёлые, так что ей, старому человеку, они были бы не под силу.
Очень бы хотелось взять отпуск в конце лета и приехать в Москву, но не знаю, дадут ли в этом году отпуск, а если дадут, смогу ли собраться с силами и приехать. Очень это дорого. И к себе ждать никого не могу тоже из-за этих же причин. Конечно, лучше бы самому приехать.
Утешение нахожу в богослужении; душа моя тогда умиротворяется, испытываю состояние покоя – а потом опять начинаются всякие шероховатости и неприятности. Меня и предупреждал епископ, что буду терпеть от «лже-братии», которая является главной язвой современного церковного общества. И власти, и общественность – все относятся хорошо, а вот свои «верующие» – от них приходится терпеть».
Мы храним память о своём замечательном настоятеле: всегда поминаем его, а его портрет висит в трапезной нашего храма.

Во второй половине 1950-х годов был духовником Тихвинского женского монастыря в Днепропетровске (владыка Гурий в этот период возглавлял Днепропетровскую епархию).В январе 1959 года был пострижен в монашество, после закрытия монастыря, с 1959 года, недолго служил в Минске (опять под началом владыки Гурия), затем в Крестовой митрополичьей церкви Москвы.7 апреля 1960 года хиротонисан во епископа Можайского, викария Московской епархии и назначен председателем хозяйственного управления Московской патриархии.1 сентября 1960 года рукоположил во иерея Александра Меня.9 апреля 1962 года уволен на покой по болезни.Но с 19 июля 1962 года — временно управляющий Калужской епархией. За годы хрущевских гонений в стране было закрыто и разрушено 6 тысяч церквей, а владыка Стефан открыл в Калужской епархии два новых храма.

Скончался во время воскресной проповеди в верхнем храме Георгиевского кафедрального собора, в которой призывал прихожан любить Господа, как любили Его жены-мироносицы. Похоронен в селе Акулово Московской области.